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1、發現服務器被入侵，應立即關閉所有網站服務，暫停至少3小時。
很多站長朋友可能會想，不行呀，網站關閉幾個小時，那該損失多大啊，可是你想想，一個可能被黑客修改的釣魚網站對客戶的損失大，還是一個關閉的網站呢?你可以先把網站暫時跳轉到一個單頁面，上面寫上一句話：網站維護中，預計3小時后開啟訪問，請各位稍后進行訪問，聯系方式：xxx，即可解決這個問題。
2、下載服務器日志(如果沒被刪除的話)，并且對服務器進行全盤殺毒掃描。
這將花費你將近1-2小時的時間，但是這是必須得做的事情，你必須確認黑客沒在服務器上安裝后門木馬程序，同時分析系統日志，看黑客是通過哪個網站(一般被掛馬的那個網站可能存在漏洞)，哪個漏洞入侵到服務器來的。找到并確認攻擊源，并將黑客掛馬的網址和被篡改的黑頁面截圖保存下來，還有黑客可能留下的個人IP或者代理IP地址。
3、為系統安裝最新的補丁，當然還有所有運行著的服務器軟件。
window系統打上最新的補丁，然后就是mysql或者sql數據庫補丁，還有php以及IIS，serv-u就更不用說了，經常出漏洞的東西，還有就是有些IDC們使用的虛擬主機管理軟件，如N點虛擬主機管理軟件、易方管理軟件、華眾管理軟件等等。
4、為網站目錄重新配置權限，關閉刪除可疑的系統賬戶。
關閉刪除所有可疑的系統帳號，尤其是那些具有高權限的系統賬戶!重新為所有網站目錄配置權限，關閉可執行的目錄權限，對圖片和非腳本目錄做無權限處理。
如圖：
5、重新設置各種管理密碼，開啟防火墻進行端口過濾。
完成以上步驟后，你需要把管理員賬戶密碼，以及數據庫管理密碼，特別是sql的sa密碼，還有mysql的root密碼，要知道，這些賬戶都是具有特殊權限的，黑客可以通過他們得到系統權限!
6、接下來，你需要對網站挨個進行處理。
web服務器，一般都是通過網站漏洞入侵的，你需要對網站程序進行檢查(配合上面的日志分析)，對所有網站可以進行上傳、寫入shell的地方進行嚴格的檢查和處理。
